畜禽糞便罐式高效好氧發酵設備中，水是不可缺少的元素。發酵過程中水分主要有溶解有機物，參與微生物的新陳代謝的作用；水分蒸發時帶走熱量，起調節發酵溫度的作用。原料水分的多少，直接影響好氧堆肥化發酵反應速度的快慢，影響堆肥發酵的質量，甚至關系到好氧堆肥化發酵工藝過程的成敗。
大量的研究實踐結果表明，堆肥化發酵合適的含水率一般以極限水分的60%～65%為好，而合適的含水率則以45%～55%為好。因為發酵過程中CO2的生成速度、微生物的生長和對氧的要求均在含水率為45%～55%時佳。若水分超過70%，溫度難于上升，分解速度明顯降低。同時如果水分過多，使物質粒子之間充滿水，有礙于通風，從而造成厭氧狀態，不利于好氧微生物生長并產生H2S等惡臭氣體。水分低于40%不能滿足微生物生長需要，有機物難于分解。當然水分還與發酵槽的深度有關系，槽越深其要求的水分就應越低。因為過多的水分會導致密實和減少空氣空隙，這樣將阻礙適量空氣向物料內的輸送。其水份調節如下：
鮮畜禽糞便N噸含水率A%，要達到水份50%，應添加秸稈粉磷礦粉鉀肥及菌劑等X噸（總含水B%）。按比例N：X濕重混合。混合物的固體含量為：固體干物質=(1—A%)N+(1—b%)X；水=A%N+B%X；因此,N噸鮮畜禽糞便供料中混合物的總量為N+X噸，混合物的水份含量為：（A%N+B%X）/(N+X)=0.50（定混合后含水率50%）；所以添加物的重量為：X=(A—50)N/(50—B)（噸）；總添加量X等于各添加物量之和即：X=X1+X2+X3+X4其中X1為秸稈粉用量。注：這里的添加物應考慮到酸堿度的調節，一般要加入一些堿性物質，如石灰粉。
水份檢查：攪拌均勻之后的水份掌握在55%左右，手感以用力握一把物料指縫不向外滲水，落地即散為宜。水份過大延長升溫時間，反之升溫會快，但降溫也快，腐熟不徹底。
畜禽糞便罐式高效好氧發酵設備的水分控制能夠使得禽畜糞便污水在發酵過程中充分發酵和利用，保證發酵所得有利于循環使用。
